En 1986 a iniciativa de diversas instituciones encabezadas por el Gobierno del Estado de México y El Colegio de México, A.C., se fundó El Colegio Mexiquense, A.C., como una institución dedicada a la investigación y la docencia en el ámbito de las ciencias sociales y las humanidades. Sus instalaciones ocupan el espacio de lo que fue la hacienda de Santa Cruz de los Patos, en el municipio de Zinacantepec. Se trata de un conjunto de edificios que ha sido remozado y adecuado para institución de su tipo. El inmueble data del siglo XVII y a la vez que se ha logrado conservarlo como patrimonio histórico, se le ha acondicionado para crear un ambiente de trabajo agradable e idóneo para el estudio, la docencia y los encuentros académicos.

Forma parte de la Red integrada por los Colegios de México, de la Frontera Norte, de la Frontera Sur, de Michoacán, de Sonora, de Jalisco y de San Luis, con los cuales mantiene relaciones de intercambio y colaboración, formalizadas mediante convenios que enriquecen su trabajo como centro educativo público de alta calidad, comprometido en el estudio y la solución de los principales problemas del estado y del país. Así, El Colegio Mexiquense, atiende temas muy variados, investiga, ofrece estudios de posgrado y diplomados, a la vez que difunde los resultados de su labor en el propio ámbito académico y la sociedad, como una manera de contribuir al análisis y la reflexión, pero también en la toma de decisiones que corresponden a los sectores público, social y privado a través de intensos programas de publicaciones, de comunicación y de oferta de servicios de consultoría y asesoría; es también un foro abierto a la discusión académica y organiza constantemente seminarios, talleres y otro tipo de encuentros regionales, nacionales e internacionales, en los que se fortalece el contacto entre las instituciones de educación superior e investigación y otras instancias de la sociedad.